Gracias a los mapas cartográficos que trazaron los afluentes del río Tietê, se sabe que la región del río Lençóis se conoce como tal desde al menos 1770. Posteriormente, el asentamiento de Ribeirão dos Lençóis, como sucedió con tantos otros pueblos, adoptó el nombre del río que bordeaba. Sin embargo, aún se desconoce el motivo por el que los primeros exploradores se refirieron al río con el nombre de Lençóis.

Según Alexandre Chitto en su libro "Lençóis Paulista Boca do Sertão", no hay consenso sobre el origen del nombre. El historiador presenta tres posibles versiones, en las que la referencia es literal. La primera se refiere a un tipo de hierba floreciente (capim-favorito) que cubría grandes extensiones de tierra a lo largo de las riberas, dándole la apariencia de una inmensa hoja de colores. Otra versión tiene el mismo significado que la hoja floreciente, pero sería el resultado de flores de gabiroba (un tipo de arbusto frutal) caídas al suelo.

La versión más consistente, sin embargo, sugiere que el nombre fue dado debido al propio río, que en un punto determinado, en su desembocadura, formaba ondas que, reflejadas por el sol, parecían láminas de agua.

Además de modificar los límites municipales, el gobierno de Vargas también cambió sus nombres. Una de las nuevas normas establecía que no podía haber dos o más ciudades con el mismo nombre en todo el país.

La decisión de cambiar el nombre se tomó en diciembre de 1943. Antes, en 1941, debido a una reforma ortográfica en portugués, la ortografía del nombre ya había cambiado de "Lençóes" a "Lençóis". Como ya existía una ciudad más antigua llamada Lençóis en Bahía, esta conservó el derecho al nombre.

En la Dirección Municipal de Geografía, se formó una comisión para abordar el asunto. La comisión solicitó a las autoridades estatales que mantuvieran el nombre, argumentando que era la voluntad popular. La comisión afirmó que esta aspiración estaba profundamente arraigada en la opinión pública local, ya que el nombre se basaba en una tradición popular y el lugar se había llamado así desde el inicio de su asentamiento. De no ser posible mantener el nombre original, la comisión sugirió los nombres de Rio Lençóis o Lençóis Paulista.

Los argumentos de la ciudad no prosperaron y el 17 de enero de 1945 el acta de la solemne sesión inaugural del marco territorial de la República, que permanecería vigente hasta 1948, llevaba un nuevo nombre: Ubirama, que en lengua tupí significaba región agradable.

Ese mismo año, 1945, Getúlio Vargas fue depuesto, pero el municipio conservó el nombre de Ubirama durante cuatro años más. Con el fin del Estado Novo de Vargas, los municipios recuperaron la autonomía para elegir a sus alcaldes y concejales, lo que ocurrió en 1947. El 17 de enero de 1948, se reinstauró el nuevo Ayuntamiento de Ubirama. Una de sus primeras decisiones fue reconsiderar el nombre, que el 17 de enero de 1949 volvió a Lençóis, con la adición de Paulista.