O Rio Lençóis é um dos mais importantes afluentes do lado esquerdo do Rio Tietê e o mais importante do município. Possui aproximadamente 46km de extensão, nasce na Fazenda São Benedito, Serra da Jacutinga, município de Agudos, e desemboca nas águas do Rio Tietê, no município de Macatuba, após atravessar Lençóis no sentido Oeste-Leste.

​É responsável por 52% do abastecimento da cidade. A Bacia do Rio Lençóis, que abrange uma área de 574,4km², tem seu sistema hidrográfico distribuído por sete municípios da região Cemtro-Oeste Paulista (Agudos, Areiópolis, Borebi, Lençóis Paulista, Macatuba, São Manuel e Igaraçu do Tietê). Entre os 35 córregos e ribeirões, ganham importância o da Prata, do Corvo Branco e Cachoeirinha, que banham a zona urbana de Lençóis Paulista.